पंड्याने टीम इंडियात स्वतःचं स्थान अल्पावधीतच निर्माण केलं असलं तरी त्याला शालेय स्तरावर क्रिकेट खेळण्यासाठी मोठा संघर्ष करावा लागला. पंड्या आणि त्याच्या प्रशिक्षकामध्ये एकदा गैरसमज निर्माण झाल्यामुळे त्याला अडचणीचा सामना करावा लागला होता. प्रशिक्षकाने पंड्याला बॉल बॉयसाठी फॉर्म भरण्यासाठी सांगितलं. मात्र पंड्याने तो फॉर्म भरला नाही.
शाळेत परीक्षा असल्याचं सांगून पंड्याने फॉर्म भरणं टाळलं. तर याबाबत काहीही माहिती नसलेल्या क्रुणाल पंड्याने बॉल बॉयसाठी फॉर्म भरला. हार्दिकने आपलं म्हणणं ऐकलं नाही असा अर्थ घेत प्रशिक्षकाने हा प्रतिष्ठेचा मुद्दा बनवला. पंड्या यामुळे चांगलाच अडचणीत आला.
प्रशिक्षकाच्या नाराजीमुळे पंड्याला दोन वर्षे अंडर-16 संघातून दूर रहावं लागलं. अंडर-19 च्या अखेरच्या वर्षातही त्याची संधी जवळपास हुकली होती. मात्र सहाय्यक प्रशिक्षक आणि इतर तीन सीनिअर खेळाडूंमुळे निवडकर्त्यांनी पंड्याला संधी दिली. त्यानंतर पंड्याने त्याच्या खेळाच्या बळावर संघात स्थान निर्माण केलं.