याशिवाय मुंबई विद्यापीठातील पोस्ट ग्रॅज्युएशनची प्रवेश प्रक्रिया. उशीरा लागणारे निकाल, विद्यापीठांमधील एफडी प्रकरण या सगळ्यांवरून आदित्य ठाकरेंनी परखड भाष्य केलं आहे.
विद्यापीठाच्या गैरकारभारावर बोलताना आदित्य ठाकरे म्हणाले की, ''विद्यापीठातला कारभार बघता, मागच्या सरकारमधले मंत्री आणि कुलगुरु बरे होते का? असा प्रश्न पडतो. कारण तेव्हा विद्यार्थ्यांचं ऐकलं जायचं, कुलगुरु भेटत होते. पण आता स्वतः राज्यपालांना हस्तक्षेप करावा लागला, विद्यापीठावर सुमोटो दाखल करण्यची ही पहिलीच वेळ आहे.''
त्याशिवाय, ऑनलाईन प्रवेश प्रक्रियेवरुनही आदित्य ठाकरेंनी टीका केली आहे. ''विद्यार्थ्यांचे प्रवेश ऑनलाईन प्रक्रियेद्वारे होत नसतील, तर ऑनलाईन पेपर चेकिंगचा अट्टहास कशाला?'' असा सवाल आदित्य ठाकरेंनी उपस्थित केला आहे.
तसेच विद्यापीठाची एफडी प्रकरणाची चौकशी व्हावी, पण क्लीन चिट न देता चौकशी व्हावी अशीही मागणी आदित्य ठाकरेंनी केली आहे.