न्यायालयाच्या या निर्णयामुळे एटीएस, सीबीआय, आणि एनआयए या तपास यंत्रणांनाला मोठा झटका बसला आहे. 2006 साली झालेल्या मालेगाव बॉम्बस्फोटाप्रकरणी एटीएसनं नऊ मुस्लिम तरुणांना अटक केली होती.
या नऊ मुस्लिम आरोपींमध्ये नुरुल हुडा, शब्बीर अहमद, रईस अहमद, सलमान फार्सी, फरोघ मगदुमी, शेख मोहम्मद अली, असीफ खान, मोहम्मद झाहीद आणि अब्रार अहमद यांचा समावेश आहे.
या सर्वांना 2006 मध्ये बॉम्बस्फोटाच्या आरोपाखाली अटक करण्यात आली होती. नोव्हेंबर 2011 मध्ये त्यांना जामीन मंजूर करण्यात आला होता.
मालेगावमध्ये 8 सप्टेंबर 2006 ला बडी रातच्या दिवशी बॉम्बस्फोट झाला होता. यावेळी 25 जण ठार तर 102 जण जखमी झाले होते.
या स्फोटाचा तपास दहशतवादविरोधी पथक करत होतं. या पथकाने याप्रकरणी सिमीच्या सदस्याला अटक केली होती. सिमीने पाकिस्तानी दहशवादी संघटना लष्कर ए तोएबाच्या मदतीने हा स्फोट केल्याचा दावा एटीएसने केला होता.
त्यानंतर हे प्रकरण सीबीआयकडे सोपवण्यात आलं होतं. मग 2011 मध्ये या स्फोटाचा तपास राष्ट्रीय तपास यंत्रणा अर्थात 'एनआयए'कडे होता. मग एनआयएनेही अटकसत्र चालू ठेवून हिंदुत्ववादी संघटना 'अभिनव भारत'च्या काही सदस्यांना अटक केली होती. त्यांच्यावरच मालेगावातील 2008 च्या स्फोटाचाही आरोप होता.