सीमाप्रश्नाच्या सोडवणुकीला विलंब होत असलेला पाहून त्यांनी आपला अखेरचा श्वास महाराष्ट्रात घ्यावा म्हणून बेळगावपासून अवघ्या 11 किमी अंतरावर असलेल्या महाराष्ट्र-कर्नाटक सीमेवरील महाराष्ट्राच्या शिनोळी गावात घर घेतलं होतं. सगळे कुटुंबीय बेळगावात राहतात. पण मनोहर भातकांडे शिनोळीत राहायचे. अलीकडे त्यांची तब्येत बिघडल्यामुळे त्यांच्या मुलाने त्यांना बेळगावात उपचारासाठी आणलं आणि तिथेच त्यांचं निधन झालं. त्यामुळे महाराष्ट्राच्या भूमीत अखेरचा श्वास घेण्याची त्यांची इच्छा अपूर्ण राहिली.
वयाच्या विसाव्या वर्षांपासून भातकांडे यांनी स्वतःला सीमा आंदोलनात झोकून दिलं होतं. 1956 च्या पहिल्या लढ्यापासून त्यांचा सीमालढ्यात सहभाग होता. मुंबई मोर्चा, दिल्ली मोर्चामध्ये देखील ते हिरीरीने सहभागी झाले होते. समितीच्या कोणत्याही आंदोलनात मनोहर भातकांडे भगवा फेटा परिधान करुन घोषणा देण्यात आघाडीवर असायचे.
मनोहर भातकांडे यांच्या पार्थिवावर सदाशिवनगर स्मशानभूमीत अंत्यसंस्कार करण्यात आले.