चंद्रशेखरेंद्र सरस्वती यांनी 1954 साली त्यांना शंकराचार्य म्हणून आपलं उत्तराधिकारी नेमलं होतं. त्यानंतर ते 1983 साली जयेंद्र सरस्वती यांनी शंकर विजयेंद्र सरस्वती यांची आपला उत्तराधिकारी म्हणून घोषणा केली.
जयेंद्र सरस्वतींना काही दिवसांपूर्वी चेन्नईच्या रामचंद्र रुग्णालयात दाखल करण्यात आलं होतं.पण त्यानंतर त्यांच्या प्रकृतीत सुधारणा होत असल्याने, डॉक्टरांनी त्यांना डिस्चार्ज दिला होता.
जयेंद्र सरस्वती यांच्यावर 2004 साली मंदिर व्यवस्थापक हत्या केल्याचा आरोप झाला होता. याप्रकरणी त्यांना अटकही झाली. पण 9 वर्षानंतर त्यांची या प्रकरणातून निर्दोष मुक्तता करण्यात आली.
जयेंद्र सरस्वती यांच्या कार्यकाळात कांची कामकोठी पीठाचं काम मोठ्या प्रमाणात विस्तारलं. त्यांच्या कार्यकाळात अनेक रुग्णालये, शाळा उभारल्या गेल्या. अयोध्या रामजन्मभूमी वाद चर्चेतून सोडवण्यासाठी त्यांनी मध्यस्ती करण्याचाही प्रयत्न केला होता.
त्यांच्या निधनावर पंतप्रधान मोदींनीही शोक व्यक्त केला आहे. पंतप्रधान मोदींनी शंकराचार्यांसोबतचा फोटो ट्वीट करुन म्हटलंय की, "श्री कांची कामकोटी पीठाचे आचार्य जगद्गुरु जयेंद्र सरस्वती यांच्या निधनाने अतिशय व्यथित आहे. ते त्यांच्या सेवा आणि चांगल्या विचारांमुळे अनुयायांच्या सदैव स्मरणात राहतील"
राष्ट्रपती रामनाथ कोविंद यांनीही शंकराचार्यांच्या निधनावर शोक व्यक्त केला आहे. "कांची कामकोटी पीठाचे 69 वे शंकराचार्य श्री जयेंद्र सरस्वती यांच्या निधनाने अतिशय दु: ख झाले. त्यांनी अध्यात्म आणि समाज कल्याण क्षेत्रात अमूल्य योगदान दिलं आहे. त्यांच्या अनुयायांप्रती संवेदना व्यक्त करतो," असं त्यांनी आपल्या शोकसंदेशात म्हटलंय.