इस्लामिक रिसर्च फाऊंडेशनचा एफसीआरए परवाना देखील लवकरच रद्द करण्यात येणार आहे. त्यामुळं झाकीर नाईकच्या एनजीओला परदेशातून देणग्या स्वीकारता येणार नाहीत. इस्लामिक रिसर्च फाऊंडेशनला मिळणाऱ्या देणग्यांचा विघातक गोष्टींसाठी वापर करण्यात येत असल्याचा आरोप यापूर्वीही झाला आहे. इस्लामिक रिसर्च फाऊंडेशनवर पूर्णपणे बंदी घालण्यासाठी सरकारनं प्रयत्न सुरु केले आहेत.
झाकीर नाईकवर दहशतवाद्यांना चिथावणी दिल्याचा आरोप आहे. झाकीर नाईकवर गृहमंत्रालयाने करडी नजर ठेवली आहे. अटकेच्या भीतीने झाकीर नाईकने आपल्या वडीलांच्या अंत्यसंस्काराला येणंही टाळलं होतं.