आपल्यावर अनेक खोट्या केसेस दाखल केल्याचा आरोपही राजनने केला. पत्रकार ज्योर्तिमय डे यांच्या हत्याप्रकरणावरील सुनावणीदरम्यान राजननं हा दावा केला. तसंच जे. डे हत्या प्रकरणात आपला हात नसल्याचंही राजन म्हणाला.
1993 पर्यंत आपल्यावर एकही केस दाखल नव्हती. मात्र दाऊद गँगशी फारकत घेतल्यानंतर आपल्याविरोधात दाऊद, पोलिस आणि भारतातील नेते मंडळींनी हातमिळवणी करुन खोट्या केसेस दाखल केल्या, असा आरोप छोटा राजननं केला.
2011 मध्ये झालेल्या जे. डे यांच्या हत्येच्या खटल्यात छोटा राजनचा व्हिडीओ कॉन्फर्सिंगद्वारे जबाब नोंदवण्यात आला होता. या प्रकरणाचा अंतिम युक्तिवाद 31 जानेवारीपासून सुरु होणार आहे.