2008 मध्ये मालेगाव बॉम्बस्फोटप्रकरणी एटीएसच्या चार्जशीटनंतर मुंबई विशेष न्यायालयाने साध्वीवर मोक्का लावला होता. मात्र सुप्रीम कोर्टानं साध्वीला दिलासा देत तिला मोक्का लावण्यापुरते पुरावे नसल्याचं सांगितलं होतं. तसंच जामिनाची मागणीही विशेष न्यायालयाने पुन्हा तपासून पाहावी असे निर्देश दिले होते. मुंबईतील विशेष कोर्टाने साध्वीचा जामिन अर्ज पुन्हा फेटाळला आहे.
मुंबई विशेष न्यायालयाने साध्वी प्रज्ञासिंहला जामीन नाकारल्यानं साध्वीच्या वकिलांनी मुंबई हायकोर्टात जामीनासाठी अर्ज केला आहे. सध्या साध्वी प्रज्ञा सिंह भोपाळच्या जेलमध्ये शिक्षा भोगत आहे.