बीडमधील औषध पुरवठ्याच्या घोटाळ्यासंदर्भातीली याचिकेवर सुनावणी घेताना उच्च न्यायालयाच्या औरंगाबाद खंडपीठाने गिरीश बापटांवर ताशेरे ओढले होते. त्यानंतर पुण्यात गिरीश बापट यांच्याविरोधात राष्ट्रवादी काँग्रेस आणि शिवसेनेने आंदोलन केले. परंतु काँग्रेसने बापटांविरोधात आंदोलन केले नाही. त्यामुळे बालगुडे यांनी अशोक चव्हाणांना पाठवलेल्या पत्रात पुणे शहर कॉंग्रेसला बापटांविरोधात आंदोलन करण्याचे आदेश देण्याची मागणी केली आहे.
बालगुडे यांनी पत्रात म्हटले आहे की, पुण्यातील काही कॉंग्रेस नेत्यांचे गिरीश बापट यांच्यासोबत असलेलं साटंलोटं पुण्यातील उघड गुपित आहे. गिरीश बापट आणि रमेश बागवे यांचे विधानसभा मतदारसंघ एकमेकांना लागून आहेत. त्याचबरोबर लोकसभा निवडणुकीत पुण्यातून गिरीश बापट यांच्या विधानसभा मतदारसंघातून सुरेश कलमाडी यांना चांगल्याप्रकारे मतदान होत होते. त्यामुळे गिरीश बापटांचे पुण्यातील काँग्रेस नेत्यांशी साटंलोटं असल्याचा आरोप अनेतदा बापटांवर झाला आहे.