गृह मंत्रालयानेही या संस्थेला बेकायदेशीर घोषित करुन त्यावर बंदी घालण्याची मागणी केली आहे. 1991 पासून झाकीर नाईकची इस्लामिक रिसर्च फाऊंडेशन ही संस्था कार्यरत आहे. या संस्थेवर धर्मांतर करण्यास प्रवृत्त करणे आणि आयसिसमध्ये लोकांना पाठवण्याचा आरोप करण्यात आला आहे. बंदी आणल्यावर कोणतीही व्यक्ती या संस्थेचा सदस्य होऊ शकणार नाही.
या संस्थेवर कमीत कमी 5 वर्षांसाठी बंदी लादली जाऊ शकते. या दरम्यान संस्थेला कोणत्याही मार्गाने देणग्या स्वीकारता येणार नाही. सरकारने संसदेत या संस्थेविषयी स्पष्टीकरण देताना 55 दहशतवादी झाकीरच्या भाषणांनी प्रेरित असल्याचे सांगितले होते.
बांगलादेशातील दहशतवादी हल्ल्यानंतर झाकीर नाईकचे नाव चर्चेत आलं. पेशाने डॉक्टर असलेल्या झाकीरचे लक्ष धर्मप्रचारात जास्त असल्याने त्याने इस्लामिक रिसर्च फाऊंडेशनची स्थापना केली. त्याने जगभरात 2000 हून जास्त व्याख्यानं दिली आहेत. यात 2012 मध्ये बिहारमधील किशनगंजच्या सभेवेळी 10 लाखांपेक्षा जास्त लोक त्याच्या भाषणाला हजर होते, असा दावाही त्याने केला आहे.