मंदिर प्रशासनानं आर्थिक घोटाळे केल्याचाही आरोप या अहवालात करण्यात आला आहे. एक हजार पानांच्या या अहवालात 776 किलो वजनाची भांडी गायब असल्याचं म्हटलं आहे. ऑक्टोबर 2015 मध्ये विनोद राय यांनी मंदिराचं ऑडिट केलं होतं.
केरळची राजधानी तिरुअनंतपुरममधील पद्मनाभ स्वामी मंदिर हे भारतातल्या श्रीमंत मंदिरांपैकी एक आहे. या मंदिराच्या खजिन्यातल्या सोनं, चांदी आणि हिरे यांची किंमत एक लाख कोटी रुपयांच्या घरात आहे.