ट्रायल कोर्टात काही पोलीस अधिका-यांना दोषमुक्त करण्यात आल्यानंतर त्याविरोधात अपील करण्यासाठी सीबीआयनं कोणतीही तसदी घेतली नाही, याबद्दल कोर्टाने नाराजी व्यक्त केली आहे. ही केस चालवायची तुमची इच्छा नाही का, असा सवालही कोर्टाने सीबीआयला विचारला आहे.
सोहराबुद्दीन शेखचा भाऊ रुबाबुद्दीन शेख या प्रकरणातील ट्रायल कोर्टाने अनेकांच्या केलेल्या दोषमुक्तीला हायकोर्टात आव्हान दिलं आहे. तर सीबीआयनंही निवृत्त आयपीएस अधिकारी एन के अमिन, राजस्थान पोलीस कॉन्स्टेबल दलपतसिंग राठोड यांच्या दोषमुक्तीला कोर्टात आव्हान दिलं आहे.
आज या प्रकरणात एन के अमिन यांच्यातर्फे ज्येष्ठ विधीज्ञ महेश जेठमलानी यांनी युक्तीवाद केला. अमिन ही एन्काऊंटर झालं, जेव्हा एटीएसमध्ये नव्हते. त्यांना विनाकारण या प्रकरणात गोवण्यात आलं असल्याचा दावा अमिन यांच्यातर्फे करण्यात आला.
गुजरात पोलिसांनी दबाव टाकून त्यांना या प्रकरणात सहभागी असल्याचा जबाब नोंदवायला सांगितला होता. पण अमिन यांनी तसा जबाब दिला नाही, असं त्यांच्या वतीनं कोर्टाला सांगण्यात आलं. तसं न केल्यास त्याचा त्यांच्या नोकरीवर परिणाम होईल अशी धमकी त्यांना देण्यात आली होती, असाही दावा अमिन यांच्या वतीनं करण्यात आला. ट्रायल कोर्टाने अमिन यांना दोषमुक्त ठरवलं असून सीबीआयनं त्याला हायकोर्टात आव्हान दिलं आहे.
29 नोव्हेंबर 2005 रोजी सोहराबुद्दीन शेख आणि त्याची कौसर बी यांचं एन्काऊंटर झालं होतं तर या एन्काऊंटरचा साक्षीदार असलेल्या प्रजापती याचं एन्काऊंटर 25 डिसेंबर 2006 रोजी झालं होतं.